Ao usar o comando “Extrude“, algumas das faces que você extrudou seguem para o lado contrário. Isso significa que há “Normals” invertidos (normal é a denominação que se dá para o “lado” (frente ou trás) que a face está virada).
Corrija isso selecionando todas as faces do objeto com Control+A (note que onde há Normals invertidos a face fica azul).
Agora clique com o botão direito do mouse e escolha a opção “Align Normals“. Você pode também fazer isso individualmente para cada face – selecione apenas as faces invertidas (azuis) e, clicando com o botão direito do mouse, escolha a opção “Reverse Normals“. Isso irá “virar” todas as faces para o mesmo lado.
Você pode verificar a posição dos “Normals” a qualquer momento no seu objeto (ou até deixá-los visíveis permanentemente). Para isso, clique em Options – Normals e agora uma linha branca irá aparecer no centro de cada face do seu objeto indicando o lado em que o Normal está virado.
Agora seu “Extrude” irá funcionar perfeitamente (todas as faces para o mesmo lado).